בשנת תשכ”ד (1964), הקים הרב כהנא את ישיבת הרי יהודה במושב בית מאיר. הישיבה הוקמה ברוח רבותיו, תוך שילוב של לימוד תורה עם חינוך למוסר, יראת שמים ומידות טובות. גישתו החינוכית הייחודית של הרב כהנא שמה דגש על יצירת קשר הדוק בין התלמידים לצוות החינוכי, תוך הקפדה על מתן מענה לצרכים הייחודיים של כל תלמיד
לימוד התורה בישיבה נעשה בצורה חווייתית, תוך יצירת סביבה לימודית תומכת, ולא מלחיצה